Trois Agences de l'Eau sont présentes en Lozère :
A chaque bassin correspond un SDAGE (Schéma Directeur d'Aménagement et de Gestion de l'Eau). Chaque SDAGE, actuellement en révision, doit être conforme aux exigences de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE), visant à atteindre le "bon état" en 2015.
Un SDAGE est divisé territorialement en SAGE (Schéma d'Aménagement et de Gestion des Eaux) qui sont gérés par des CLE (Commission Locale de l'Eau).
En Lozère, en 2009, 5 SAGE sont approuvés :
La Chambre d'Agriculture participe aux différentes instances de consultation.
Des Contrats de rivières sont également en cours d'élaboration sur le département :
En tête de Bassin, la Lozère dispose d'un important réseau de zones humides qui couvre plus de 10 000 ha. Certaines d'entre elles ont une valeur patrimoniale remarquable : les tourbières. Elles font l'objet d'une gestion par l'élevage adaptée à leur sensibilité.